Året därpå var Helena tillbaka på Stockholms Stadsteater, denna gång i titelrollen i Pam Gems "Piaf - ett kvinnoöde" i regi av den nuvarande teaterdirektören, Benny Fredriksson. Det blev stor succé och föreställningen spelades över hundra gånger för utsålda hus. Helena spelade även in en CD med Edith Piafs sånger.
Därefter startade hennes samarbete med regissören (och skådespelarkollegan) Philip Zandén, som regisserade Helena i tre produktioner: Ibsens "Ett dockhem", Shakespeares "Hamlet" (där hon gestaltade titelrollen) och Strindbergs "Fordringsägare".
2006 spelade Helena titelrollen i Euripides "Medea" i regi av Sara Cronberg samt Blanche DuBois i Göran Stangertzs iscensättning av Tennessee Williams "Linje Lusta", vilken fick nypremiär i december 2011. För denna insats nominerades Helena till Dagens Nyheters Kulturpris med motiveringen:
"För hennes gestaltning av Blanche DuBois i Tennessee Williams Linje Lusta på Stockholms Stadsteater, som banar väg för en ny tolkning av pjäsen som helhet. Helena Bergströms Blanche är uttryck för en ny, komplex och vanebrytande kvinnosyn. Men porträttet visar också på en skådespelerskas högst personliga förmåga att med erfarenhet, passion och kunnande forma en roll som både växer ur traditionen och bryter mot den."
2008 regidebuterade Colin Nutley på Stockholms Stadsteater med musikalen "Cabaret" av Joe Masteroff, John Kander och Fred Ebb. Helena spelade Sally Bowles och Rikard Wolff konferencieren. Året därpå såg vi Helena i musikalen "Hairspray" i regi av Anders Albien på Chinateatern i Stockholm.